短縮URLにした場合でも成果はカウントされますか？

はい。短縮URLサービスなどで「広告URL」を短縮した場合でも、正しくページ遷移（広告URLを経由）をしていれば、問題なくカウントされます。

同様に、プログラムなどでURLを加工した場合でも、最終的に正しい広告URLで遷移をしていれば、正しくカウントされます。